微生物与感染
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导读与评议(2018年第2期)

 

胃肠道微生物群在宿主正常物质代谢和维持机体生理健康中扮演着重要角色。目前,更多的目光集中于研究疾病发生对人体正常微生物群的影响及利用微生物组学探讨疾病的根源和防控措施,针对畜禽的研究相对较少。近年来,兽医、动物营养学家和微生物学者开始关注并研究畜禽(鸡、猪和反刍动物)的微生物群,利用微生物组学来揭示动物疫病对机体正常微生物群的影响。动物体内微生物群的变化不仅是大多数传染病的发生源头,还与食品安全、动物健康和公共卫生紧密相关。由于食源性疾病带来的经济损失巨大,畜禽微生物组研究正成为全球食源性疾病来源的关注点之一。本期发表的特约专稿(焦新安教授)“微生物组与动物疫病防控”就近年来微生物组学在畜禽动物疫病防控中的研究进展及发展方向进行了总结,并指出在组学研究之前需要收集和提取样品的规范化及样品的高质量尤为重要,这也是目前不同科研机构在动物或人微生物组学研究过程中所得数据存在差异的主要原因。作者认为微生物组学的研究应持谨慎态度,研究过程需要精细化,方能达到真正为动物疫病防控提供指导的目标,寻求相应的防控措施,并降低食源性疾病传播给人类的风险。
      目前,二代测序技术不断成熟并用于临床疑难病的诊断,已成为病原学诊断的有力手段。张文宏教授等撰写的综述“二代测序在脓毒血症患者病原学诊断中的应用”介绍了二代测序技术在临床的应用,并分析了脓毒血症患者病原学诊断方面诊断中的价值。二代测序技术与传统病原学检测方法相比,其具有快速、非选择性、可定量或半定量分析的优点。二代测序检测的标本无需培养,避免了难培养病原体的漏检;可直接测定全部核酸片段,无需事先选定检测范围(即无偏性),避免了漏检。同时还可检测宿主基因以辅助诊断;测序后可通过复查二代测序,比较治疗前后的病原体序列数等定量和半定量数据,对患者进行随访。该文以“Sepsis” “Bacteremia” “Blood Stream Infection”及“Next Generation Sequencing” “high-throughput sequencing”为关键词,获英文文献60篇;以菌血症”“败血症”“脓毒血症”“血流感染及“二代测序”为关键词,在中国知网数据库中检索,获中文文献6篇;筛选出11与二代测序在脓毒血症病原学诊断中的应用有关的文献。分析结果显示:在脓毒血症诊断中,二代测序技术显示了独特优势,其快速、无偏的特性较好地补充了传统病原学诊断方法的不足,有一定的临床应用价值。然而,现阶段二代测序存在缺乏公认的判读标准、测序结果与治疗关系不明确、耐药基因难以检测等不足之处,亦缺乏与传统诊断手段较大规模的比较验证。随着相关研究的完善,二代测序在脓毒血症诊断中的临床应用价值将得到进一步提升。
      复旦大学附属公共卫生临床中心和上海交通大学医学院附属新华医院团队对2011—2016上海地区手足口病病原进行了研究,结果显示:011—2012年秋季上海地区手足口病主要致病原为肠道病毒71型和柯萨奇病毒A组6型(CA6); 2012年秋季CA6成为上海地区手足口病的主要致病原,且重组型CA6与非重组型CA6的构成比存在一定变化,研究结果对上海地区手足口病的防控预警及疫苗研发具有重要意义。
      复旦大学吕亮东团队对结核分枝杆菌espK基因G-四链体(G-quadruplex,G4)进行了研究。G-四链体是由富含串联重复的鸟嘌呤(guanine,G)的核酸序列折叠形成的四链体螺旋结构,与基因表达调控和基因组稳定性有关。该论文对结核分枝杆菌ESX-1分泌系统的组成元件espK(Rv3879c)进行核酸序列分析,确定其编码氨基酸序列多态性区域对应的模板链上存在G4核酸序列,且该序列仅存在结核分枝杆菌复合群。通过比对结核分枝杆菌临床分离株espK基因的核酸序列,发现espK基因的高频率G1573C突变位于G4核酸序列,在体外形成具有顺式平行结构特征的G4,同义点突变G4会使其结构稳定性下降。同义点突变G4后,其基因转录水平提升1.5倍。临床分离株中出现的espK高频率G1573C可导致EspK蛋白表达水平上升。结果提示,espK的G4结构具有表达调控功能。    

[2018-05-28]
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