目前，人体微生物组已成为生物医学研究的热点，有关成果将改变以往人们对微生物的认识。本刊特邀请有关专家撰写了人体微生物组方面的文章......

随着微生物群(组)研究的兴起，人体微生物组对机体健康或疾病作用的探索一度呈井喷之势，但研究技术及分析方法仍处于起步阶段，需进一步深入。本文对微生物群和微生物组的概念进行了解释，阐述了人体微生物群与机体的相互作用模式，概括了微生物群与人体有关疾病的关系，提出了人体微生物组研究中的6个关键问题，并对未来的发展方向进行了展望。

口腔微生物是定植于人体口腔的微生物集合。众多研究证实，口腔微生物与多种口腔感染性疾病及系统性疾病紧密相关。随着“人类微生物组计划”及其他微生物宏基因组学相关项目的开展，人们对口腔微生物群落的认识不断深入。本文基于最新研究进展，就口腔微生物的组成、演替特点、与口腔和全身系统性疾病的关系及与肠道微生物的交互作用进行综述。

本研究分析比较了农家家养鸡与大型养殖场鸡肠道菌群组成及抗四环素抗性基因在肠道菌群中的分布情况。通过454焦磷酸法对细菌16S rRNA V3区进行测序来分析肠道菌群的组成；用平板琼脂法筛选四环素耐药菌株，对其16S rRNA基因全长测序，并与RDP (Ribosomal Database Project)数据库比对进行菌种鉴定；聚合酶链反应(polymerase chain reaction，PCR)检测常见四环素耐药基因。家养鸡粪便中菌群香农多样性指数为5.321±0.590，养殖场鸡为4.398±0.440，前者显著大于后者(Mann-Whitney U test，P＝0.008)。从家养鸡和养殖场鸡粪便中随机分离到69株和65株四环素耐药菌株，后者四环素耐药菌的种类多于前者。家养鸡较养殖场鸡的肠道菌群更具多样性，而抗生素抗性基因在养殖场鸡的肠道菌群中分布更广泛。结果表明，不同饲养方式对鸡的肠道菌群有影响，对抗生素抗性基因的分布也有一定影响。

肿瘤坏死因子α (tumor necrosis factor α，TNF-α)作为重要的炎性细胞因子，在类风湿关节炎、感染性休克等疾病的发病中起重要作用。为探究TNF-α在宿主抵抗海分枝杆菌感染中的作用，本研究采用成簇的规律间隔的短回文重复序列及其相关蛋白9〔clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)/CRISPR-associated protein 9 (Cas9)，CRISPR/Cas9〕技术，使野生型斑马鱼TNF-α基因发生突变，成功构建并筛选出含有移码突变的TNF-α突变型(TNF-α^－/－)斑马鱼。利用原位杂交技术，发现TNF-α^－/－斑马鱼中TNF-α mRNA表达水平显著降低。与野生型斑马鱼相比，海分枝杆菌在TNF-α^－/－斑马鱼体内扩散和增殖更显著。结果提示，本研究成功构建TNF-α^－/－斑马鱼，有助于深入探究TNF-α在斑马鱼抵抗海分枝杆菌感染中的作用及其免疫调节机制。

本课题组早期研究结果表明，炭疽芽胞杆菌BA2380蛋白可能与炭疽芽胞杆菌毒力有关，因而有必要对其功能进行深入研究。选取炭疽芽胞杆菌A16D2株为出发菌株，以其BA2380基因为目的缺失基因，参照A16D2株基因组序列及质粒pSET4s序列，利用软件设计上下游同源臂及抗性基因引物，用本实验室改造的“Golden Gate”克隆方法将3个片段同时连入温敏型穿梭载体pKMBK中(本实验室构建的受体质粒)，从而构建基因打靶质粒。将该基因打靶质粒导入炭疽芽胞杆菌A16D2感受态细胞中，利用同源重组原理，筛选获得炭疽芽胞杆菌A16D2 BA2380基因缺失突变株，并对其进行验证。结果验证了本课题组构建的“Golden Gate”克隆体系进行多片段克隆的高效性，也为后续探索其基因功能奠定了基础。

肠道病毒3D蛋白是其RNA聚合酶。柯萨奇病毒B3型(coxsackievirus B3，CVB3)主要感染心脏，其3D蛋白在心肌表达中的时序和分布尚不清楚。本研究将通过聚合酶链反应(polymerase chain reaction，PCR)获得的CVB 3D片段插入pET28a(＋)的表达框，获得pET28a(＋)-3D重组质粒。异丙基 β-D-硫代半乳糖苷(isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside，IPTG)诱导pET28a(＋)-3D表达3D-His蛋白，十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis，SDS-PAGE)后，切胶，获得3D-His蛋白。3D-His蛋白加佐剂免疫新西兰大白兔制备3D蛋白多克隆抗体，蛋白免疫印迹法检测抗体效价及特异性。结果显示，本研究获得了高效价且特异性好的抗CVB3 3D蛋白抗体，可用于CVB3 3D蛋白功能的后续研究。

乙型肝炎病毒（hepatitis B virus，HBV）编码的X蛋白（hepatitis B virus X protein，HBx）对HBV感染的起始和维持至关重要。HBx可能作为病毒来源的接头分子，介导Cullin-RING E3泛素连接酶4（cullin-RING ubiquitin E3 ligase 4，CRL4）复合物对染色体外DNA限制因子SMC5/6的降解。最近研究发现CRL4接头分子DNA损伤结合蛋白1（DNA damage-binding protein 1，DDB1）可不依赖与HBx的相互作用而直接上调病毒的表达和复制。本研究基于HBx基因删除（X-null）的HBV重组cccDNA（recombinant covalently closed circular DNA，rcccDNA）模型系统，在多种体外培养肝细胞系中证实上述发现。有意思的是，CRL4刺激rcccDNA^X-null转染细胞抗原分泌表达的效应能被血清饥饿实验抵消。应用尾静脉高压注射小鼠模型，同样发现CRL4并不上调rcccDNA^X-null在非增殖小鼠肝脏细胞中的表达。以上结果提示，细胞增殖特征与CRL4不依赖HBx上调病毒抗原表达的效应密切相关，有助于HBx生物学意义的准确分析和理解。

艾滋病痴呆综合征(acquired immunodeficiency syndrome dementia complex, ADC)是由人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus，HIV)侵犯中枢神经系统，造成患者意识、行为和运动能力改变为主要临床表现的综合征。约50%的HIV感染者表现出不同形式的认知功能损伤。ADC的发病机制尚未完全阐明，诊断也无明确的病理和生化指标。目前，蛋白质组学技术以其高灵敏度和高通量的特点广泛应用于传染病研究。本文综述了近年来ADC蛋白质组学研究领域的进展，包括ADC蛋白质组学研究所用样品、蛋白质组学技术及其在ADC研究中的应用，为ADC的诊断和发病机制研究提供新思路。

细胞焦亡是一种依赖天冬氨酸特异性半胱氨酸蛋白酶1(cysteinyl aspartate specific proteinase 1，caspase-1)/caspase-11的程序性细胞死亡方式。炎性小体的激活在细胞焦亡过程中扮演重要角色。当病原体入侵时，核苷酸结合寡聚化结构域样受体(nucleotide-binding oligomerization domain-like receptor，NLR)和黑色素瘤缺乏因子2(absent in melanoma 2，AIM2)等胞内模式识别受体(pattern recognition receptor，PRR)与相应配体结合，导致炎性小体多蛋白复合物组装和caspase-1/caspase-11激活，进而诱导细胞焦亡发生。深入研究炎性小体激活和细胞焦亡的相关机制，对认识炎症性疾病的发生发展非常重要。本文就炎性小体激活与细胞焦亡的研究进展进行综述。