微生物组研究的发展推动了人类不断探索人体微生物群与疾病之间的相关性。然而，微生物组学在动物疫病防控中的研究尚处于起步阶段。本文对动物疫病防控领域中微生物组研究所发挥的6个作用进行了阐述：揭示疾病与菌群的相关性，鉴定新发病原体，确立有益于维持机体健康生长的菌群，筛选疾病防控的新药物和新制剂，开发新疫苗或改进疫苗的使用效果，提出更简单有效的防控措施。

本研究旨在探讨白细胞介素22(interleukin 22，IL-22)基因多态性位点与肺结核易感性的关系。采用SNPscan™多重单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)分型技术，对453例肺结核患者(结核病组)和373例与患者长期密切接触者〔包括109例潜伏结核感染(latent tuberculosis infection，LTBI)者、264例健康对照者〕的IL-22基因的4个SNP位点(rs1179249、rs2227491、rs17224704、rs2227478)多态性进行分析。结核病组、LTBI组和对照组中4个SNP位点的基因型分布经哈温平衡(Hardy-Weinberg equilibrium，HWE)检验均处于遗传平衡状态。结果显示，rs17224704位点存在AA、TA和TT基因型。＞55岁人群中，此位点TA基因型在对照组中的分布显著高于结核病组(P＝0.047 9，OR＝0.365，95% CI＝0.135～0.991)；AA基因型在LTBI组中的分布显著低于结核病组(P＝0.027 6)；TA基因型在LTBI组中的分布显著高于结核病组(P＝0.007 37，OR＝0.213，95% CI＝0.069～0.660)。对照组和LTBI组的等位基因T频率显著高于结核病组(P＝0.026 9，OR＝0.388，95% CI＝0.167～0.897；P＝0.025 0，OR＝0.322，95% CI＝0.119～0.867)。IL-22基因rs17224704的多态性可能与中国重庆地区汉族人群肺结核易感性显著相关，其等位基因T可能是肺结核的保护基因。

DNA的G-四链体(G-quadruplex，G4)是由富含串联重复的鸟嘌呤(guanine，G)的核酸序列折叠形成的四链体螺旋结构，目前认为其与基因表达调控和基因组稳定性有关。已有研究表明，结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)的espK(Rv3879c)是构成ESX-1分泌系统的一个重要元件，其蛋白序列具有串联重复的GTPITP氨基酸序列多态性。本研究经核酸序列比对分析，确定该氨基酸序列多态性区域对应的模板链上存在G4序列，且该G4序列仅存在于结核分枝杆菌复合群。通过比对结核分枝杆菌临床分离株espK基因的核酸序列，发现espK基因的高频率G1573C突变位于G4序列。为研究该G4结构及基因表达调控功能，首先利用圆二色谱检测其核酸片段在钾离子存在条件下的光谱学特征，证实其可在体外形成具有顺式平行结构特征的G4，同义点突变G4会使其结构稳定性下降。采用重叠聚合酶链反应(overlapping polymerase chain reaction，overlapping PCR)构建含有G4突变的espK表达质粒，获得重组表达菌株。通过实时定量PCR测定espK重组表达菌株中基因转录水平变化，发现同义点突变G4后，其基因转录水平比野生型espK重组菌株提升 1.5 倍(P＜0.05)。此外，临床分离株中espK出现的高频率G1573C突变会破坏G4结构，但蛋白免疫印迹检测结果显示espK G1573C突变导致EspK蛋白表达水平上升。以上结果提示，espK的G4结构具有表达调控功能，该G4区域的序列多态性可能通过影响EspK表达水平来调节ESX-1分泌系统的活性。

本文旨在分析2011—2016年上海地区手足口病病原谱的构成和主要病原体流行规律，为手足口病的疫情防控和重症预警提供参考。采集2011—2016年哨点医院临床诊断为手足口病的患儿标本，首先进行肠道病毒通用型核酸和分型检测，其次对2012—2016年核酸检测为柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6，CA6)阳性样本进行基因型重组检测，分离重组型和非重组型CA6株，比较两者生物学特性。结果显示，2011—2012年秋季上海地区手足口病主要致病原为肠道病毒71型(enterovirus type 71，EV71)和CA16；2012年秋季起CA6成为主要病原体；2013—2014年重组型CA6(recombinant CA6，R CA6)占一定比例；2015—2016年非重组型CA6(non-recombinant CA6，NR CA6)成为优势流行株。R CA6和NR CA6代表株在RD细胞中增殖良好，在KB、MRC-5和HEp-2细胞中未见明显增殖。比较R CA6与NR CA6代表株接种于RD细胞后细胞活性下降的动态变化，未见显著差异。本研究证实，CA6为近年来上海地区手足口病的主要病原体，R CA6和NR CA6的构成比逐年变化，提示持续监测手足口病主要病原体并了解其生物学特性，对上海地区手足口病的防控预警及疫苗研发具有重要意义。

鲍曼不动杆菌是医院内感染的重要病原体，其基于内在性和获得性的耐药机制，导致全球抗感染领域面临巨大挑战。目前，针对多重耐药和广泛耐药鲍曼不动杆菌引起的感染尚无有效治疗方案，本文对其可选用的治疗药物及最新进展进行综述。

脓毒血症是一种严重威胁生命的感染，精准、快速的病原学诊断可帮助临床医师优化抗菌药物的使用。目前，基于病原菌培养的方法仍是脓毒血症病原学诊断的主要手段，但具有耗时长、灵敏度低等不可忽视的缺点。近年来出现了一些不依赖培养的病原学诊断方法，其中基于聚合酶链反应(polymerase chain reaction，PCR)的方法已发展较为成熟。但PCR只能检测已知的特定病原体，临床定量PCR仅用于检测病毒及少数细菌，脓毒血症中的病原体PCR多仅为定性检测。目前，二代测序技术不断成熟并用于临床，成为病原学诊断的有力手段。与血培养等传统病原学检测方法相比，其具有快速、非选择性、可定量或半定量分析的优点。现阶段二代测序仍存在公认判读标准缺乏、测序结果与治疗关系不明确、耐药基因检测困难等不足，亦缺乏较大规模的二代测序与传统诊断方法比较验证的研究结果，尚有待更高级的循证医学证据支持。

线粒体自噬指细胞通过自噬机制选择性除去损伤或多余的线粒体。真核生物通过线粒体自噬调控线粒体质量，维持供能细胞器的功能。大量研究表明，帕金森病相关基因PINK1和parkin可通过线粒体自噬参与并维持线粒体功能。PINK1与parkin能协同特异性识别损伤的线粒体，PINK1作为线粒体质量调控的探测器被活化，此过程中泛素化酶和去泛素化酶对维持parkin活性及线粒体自噬的效率有重要作用。本文主要总结PINK1/parkin通路在线粒体自噬中的功能与作用。

鲍曼不动杆菌为非发酵糖类革兰阴性杆菌，具有强大的获得耐药性和克隆传播的能力，广泛分布于医院环境，是医院内感染的重要病原菌之一。因此，建立精准、高效的鲍曼不动杆菌基因分型技术，是开展其医院内感染流行病学研究和临床防控的重要工具。本文就近年来鲍曼不动杆菌基因分型技术的研究进展进行综述，并分析比较多种基因分型技术的原理、优点、局限性及应用范围。

Rcs是肠杆菌科细菌中的一种复杂的双组分信号转导系统，能调节细菌荚膜异多糖酸合成，以及细菌鞭毛基因、抗酸性基因等的表达。Rcs不同于典型的双组分系统，其由3个蛋白构成，磷酸转移过程分3步进行。不同细菌中的Rcs功能有所区别，主要为调控细菌的毒力和应激。本文在简单介绍细菌双组分信号转导系统的基础上，重点对肠杆菌科细菌Rcs的组成、功能及磷酸转移机制进行综述。

人体内定植着数目庞大、结构复杂的细菌及真菌等微生物群，它们之间存在复杂的相互作用。既往研究主要集中于细菌或真菌的某个单一物种，但最近研究表明，细菌与真菌之间的相互作用对更好地理解体内的微生态系统至关重要。白假丝酵母(又称白念珠菌)是人备体中最常见的机会性致病真菌，通常被认为是人类正常菌群的一部分。白念珠菌与细菌的相互作用近年来备受关注，其协同和拮抗作用有助于维持不同物种间复杂的平衡关系。了解白念珠菌与细菌的相互作用，不仅可加深对微生物致病机制的理解，还可为预防和治疗白念珠菌或细菌感染及新型抗菌药物研发提供新途径。本文就白念珠菌与细菌共存时的相互作用机制及其对人类健康、疾病的影响进行综述，从而为控制念珠菌或细菌感染提供新的策略。