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  微生物与感染  2022, Vol. 17 Issue (2): 65-70      DOI: 10.3969/j.issn.1673-6184.2022.02.001
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2018—2020年平顶山地区非结核分枝杆菌菌种鉴定及耐药性分析
韦旭     
平顶山市传染病医院,河南 平顶山 467000
摘要:本文旨在观察2018—2020年河南省平顶山地区非结核分枝杆菌(nontuberculous mycobacteria,NTM)的菌种分布及耐药情况。收集2018年1月—2020年12月平顶山市传染病医院分离到的326株NTM,采用DNA微阵列芯片鉴定菌种,改良罗氏培养基比例法进行药敏试验。结果显示,从61~80岁患者中分离的NTM菌株最多,其次是41~60岁患者。共鉴定出8个NTM菌种,分别为胞内分枝杆菌(35.28%)、龟/脓肿分枝杆菌(24.85%)、鸟分枝杆菌(18.40%)、偶然分枝杆菌(5.21%)、戈登分枝杆菌(1.23%)、堪萨斯分枝杆菌(12.58%)、浅黄分枝杆菌(1.53%)、瘰疬分枝杆菌(0.92%)。NTM对异烟肼的耐药率最高,为97.85%。除戈登分枝杆菌外,其他NTM菌种对异烟肼的耐药率均>94%;胞内分枝杆菌对丙硫异烟胺的耐药率(8.70%)相对较低,鸟分枝杆菌对丙硫异烟胺的耐药率为10.00%;龟/脓肿分枝杆菌对异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇、阿米卡星的耐药率均>95%;偶然分枝杆菌对左氧氟沙星的耐药率为35.29%,堪萨斯分枝杆菌对左氧氟沙星的耐药率最低(7.32%);戈登分枝杆菌对异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、对氨基水杨酸的耐药率均≥50%;浅黄分枝杆菌对乙胺丁醇、左氧氟沙星、阿米卡星、卡那霉素的耐药率均<50%;瘰疬分枝杆菌对阿米卡星和丙硫异烟胺的耐药率为0。结果提示,2018—2020年河南省平顶山地区鉴定出的8个NTM菌种中,胞内分枝杆菌占比最高,不同菌种对不同抗结核药物的耐药性差异较大,因此菌种鉴定对临床治疗有重要意义。
关键词非结核分枝杆菌    耐药    菌种鉴定    分枝杆菌    
Identification and drug resistance analysis of nontuberculous mycobacteria in Pingdingshan region from 2018 to 2020
WEI Xu     
Pingdingshan Infectious Disease Hospital, Pingdingshan 467000, Henan Province, China
Abstract: The present paper aims to analyze the species distribution and drug resistance of nontuberculous mycobacteria (NTM) in Pingdingshan region of Henan Province from 2018 to 2020. A total of 326 NTM strains isolated from Pingdingshan Infectious Disease Hospital from January 2018 to December 2020 were collected. NTM strains were identified by DNA microarray chip, and the modified Lowenstein-Jensen medium was used for drug sensitivity test. The results showed that most of the NTM strains were isolated from the patients aged from 61 to 80 years, followed by the age group of 41 to 60 years. Eight NTM species were identified, namely Mycobacterium intracellulare (35.28%), Mycobacterium chelonae/Mycobacterium abscessus (24.85%), Mycobacterium avium (18.40%), Mycobacterium fortuitum (5.21%), Mycobacterium gordonae (1.23%), Mycobacterium kansasii (12.58%), Mycobacterium gilvum (1.53%), and Mycobacterium scrofulaceum (0.92%). These NTM strains had the highest resistance rate to isoniazid, as high as 97.85%. Except for Mycobacterium gordonae, the resistance rate of NTM strains to isoniazid was > 94%. Mycobacterium intracellulare had a relatively low resistance rate to prothionamide (8.70%), and the resistance rate of Mycobacterium avium to prothionamide was 10.00%. The resistance rates of Mycobacterium chelonae/Mycobacterium abscessus to isoniazid, rifampicin, streptomycin, ethambutol, and amikacin were > 95%. Mycobacterium fortuitum had a resistance rate of 35.29% to levofloxacin, and the resistance rate of Mycobacterium kansasii to levofloxacin was 7.32%. The resistance rates of Mycobacterium gordonae to isoniazid, ethambutol, streptomycin and p-aminosalicylic acid were ≥50%. Mycobacterium gilvum had a resistance rate of < 50% to ethambutol, levofloxacin, amikacin, and kanamycin. Mycobacterium scrofulaceum was not resistant to amikacin and prothiazamide. In conclusion, eight NTM species were found in Pingdingshan region from 2018 to 2020, among which Mycobacterium intracellular accounted for a largest proportion. There are great differences in drug resistance among different NTM species, and the identification of NTM species is of great significance for the treatment of patients.
Keywords: Nontuberculous mycobacteria    Drug resistance    Species identification    Mycobacterium    

非结核分枝杆菌(nontuberculous mycobacteria,NTM)是指除麻风分枝杆菌、结核分枝杆菌复合群以外的分枝杆菌,为一种条件致病菌。其种类繁多,目前已发现约190种,大多对人体没有危害[1-2]。NTM感染后可侵犯皮肤、肺、淋巴结组织,临床上最常见的是NTM肺病。目前,NTM感染居高不下,且对许多常用抗生素耐药,已成为临床研究热点[3]。不同地区之间NTM的菌种分布及发病率差异较大,分离率差异也较大,我国东南沿海地区分离率较高,而北方内陆地区分离率较低[4]。鉴于NTM不同菌种对不同抗结核药物的敏感性不同,临床上须通过菌种鉴定及药敏试验结果合理选择药物[5]。本研究采用DNA微阵列芯片对河南省平顶山地区的NTM菌种进行鉴定,并通过药敏试验分析其耐药性,以期为治疗NTM感染相关疾病提供参考数据。

1 材料与方法 1.1 样本来源

选择2018年1月—2020年12月河南省平顶山市传染病医院收集的分枝杆菌阳性标本3 801份,其中检出326株NTM,分离自不同患者的标本(包括痰、尿液、支气管肺泡灌洗液等),其中女性125例,男性201例。同一患者重复送检样本不重复计算,将首次样本送检结果纳入分析。

1.2 仪器与试剂

DNA微阵列芯片和LuxScan 10K微阵列芯片扫描仪购自北京博奥生物集团有限公司,K960 PCR仪购自力新仪器(上海)有限公司。

1.3 实验方法 1.3.1 NTM菌种鉴定

采用DNA微阵列芯片鉴定NTM菌种。在核酸提取管中添加80 μL核酸提取液,吸取10 μL菌悬液(≥1麦氏单位浊度)至核酸提取管,振荡15 min,95 ℃加热15 min,12 000 g离心1 min,将提取的核酸于-20 ℃保存。取出聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)试剂并融化,加至200 μL EP管,再加入2 μL DNA模板,同时设置阳性对照和阴性对照。扩增参数为:37 ℃ 600 s,94 ℃ 600 s,94 ℃ 30 s,60 ℃ 30 s,73 ℃ 40 s,35个循环,94 ℃ 30 s,72 ℃ 60 s,10个循环,延伸420 s,4 ℃保存。在微阵列芯片的杂交盒底部添加200 μL蒸馏水,芯片正面朝上。在200 μL离心管中加入9 μL杂交混合液,再加入6 μL PCR产物,总体积为15 μL,95 ℃反应5 min,于冰上静置3 min,加入13.5 μL杂交反应混合物,50 ℃孵育2 h,用芯片洗涤液洗涤。最后用微阵列芯片扫描仪扫描,探针信号值≥参考值时判定为阳性,信号值<参考值时判为阴性。

1.3.2 药敏试验

在改良罗氏基础培养基中添加溶解的抗结核药物,分装于试管内,置于85 ℃倾斜放置50 min。37 ℃试培养24 h后,如无细菌生长,置于4 ℃保存。药物浓度如下:异烟肼为1 μg/mL和10 μg/mL,链霉素为10 μg/mL和100 μg/mL,利福平为50 μg/mL和250 μg/mL,左氧氟沙星为1 μg/mL和10 μg/mL,阿米卡星为10 μg/mL和100 μg/mL,乙胺丁醇为5 μg/mL和50 μg/mL,对氨基水杨酸为1 μg/mL和10 μg/mL,丙硫异烟胺为25 μg/mL和100 μg/mL,卡那霉素为10 μg/mL和100 μg/mL。

药敏试验过程:用接种环取生长至对数期的细菌培养物,采用细菌超声分散计数仪将细菌超声分散,用生理盐水稀释,与1号麦氏比浊管比较,配制成密度为1麦氏浊度的菌液。然后,用生理盐水将菌液10倍连续稀释成密度为1×10-2、1×10-4麦氏浊度的菌液,吸取10 μL菌液接种至含有药物的培养基斜面,37 ℃培养4周,根据《全国临床检验操作规程》判定分枝杆菌药敏结果。

2 结果 2.1 NTM感染患者的年龄分布

NTM感染患者的年龄分布见表 1。无论男女,从61~80岁患者分离得到的NTM菌株最多,其次是41~60岁患者。

表 1 NTM菌株来源(n) Tab. 1 Source of 326 NTM strains (n)
Gender Age (year) Total
0~20 21~40 41~60 61~80 ≥81
Male 8 45 66 72 10 201
Female 3 27 36 52 7 125
Total 11 72 102 124 17 326
2.2 DNA微阵列芯片结果

利用DNA微阵列芯片对分离的NTM菌株进行鉴定,结果如表 2所示。共鉴定出8个菌种,胞内分枝杆菌分离率最高,占35.28%;其次是龟/脓肿分枝杆菌,分离率为24.85%;其他依次为鸟分枝杆菌18.40%,堪萨斯分枝杆菌12.58%,偶然分枝杆菌5.21%,浅黄分枝杆菌1.53%,戈登分枝杆菌1.23%,瘰疬分枝杆菌0.92%。

表 2 NTM菌种鉴定结果 Tab. 2 Identification of 326 NTM strains
NTM species n Percentage (%)
Mycobacterium intracellulare 115 35.28
Mycobacterium avium 60 18.40
Mycobacterium chelonae/Mycobacterium abscessus 81 24.85
Mycobacterium fortuitum 17 5.21
Mycobacterium gordonae 4 1.23
Mycobacterium kansasii 41 12.58
Mycobacterium gilvum 5 1.53
Mycobacterium scrofulaceum 3 0.92
Total 326 100.00
2.3 NTM总体耐药情况

NTM总体耐药情况如表 3所示。NTM对异烟肼的耐药率高达97.85%,对链霉素、利福平、左氧氟沙星、阿米卡星、乙胺丁醇、对氨基水杨酸、丙硫异烟胺、卡那霉素的耐药率分别为84.66%、76.38%、54.60%、73.01%、73.62%、86.81%、29.75%、77.61%。

表 3 NTM总体耐药情况 Tab. 3 Overall drug resistance of 326 NTM strains
Drug Number of resistant bacteria Resistance rate (%)
Isoniazid 319 97.85
Streptomycin 276 84.66
Rifampin 249 76.38
Levofloxacin 178 54.60
Amikacin 238 73.01
Ethambutol 240 73.62
p-Aminosalicylic acid 283 86.81
Prothionamide 97 29.75
Kanamycin 253 77.61
2.4 NTM不同菌种的耐药情况

NTM不同菌种的耐药情况如表 4所示。除戈登分枝杆菌对异烟肼的耐药率为75%外,胞内分枝杆菌、鸟分枝杆菌、龟/脓肿分枝杆菌、偶然分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、浅黄分枝杆菌、瘰疬分枝杆菌对异烟肼的耐药率均>94%,其中浅黄分枝杆菌、瘰疬分枝杆菌对异烟肼的耐药率高达100%。龟/脓肿分枝杆菌对利福平的耐药率为100%,戈登分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌对利福平的耐药率较低,分别为25.00%和41.46%,其余菌种对利福平的耐药率介于60%~77%。除堪萨斯分枝杆菌外,其他NTM菌种对链霉素的耐药率均>50%,其中龟/脓肿分枝杆菌、胞内分枝杆菌对链霉素的耐药率>90%。堪萨斯分枝杆菌、浅黄分枝杆菌、鸟分枝杆菌对乙胺丁醇的耐药率较低,而胞内分枝杆菌、龟/脓肿分枝杆菌、偶然分枝杆菌对乙胺丁醇的耐药率较高,均>90%。胞内分枝杆菌、龟/脓肿分枝杆菌对左氧氟沙星的耐药率分别为60.87%、88.89%,其他NTM菌种对左氧氟沙星的耐药率均<50%,其中堪萨斯分枝杆菌对左氧氟沙星的耐药率最低,仅为7.32%。龟/脓肿分枝杆菌对阿米卡星的耐药率较高,而浅黄分枝杆菌、瘰疬分枝杆菌、戈登分枝杆菌对阿米卡星的耐药率较低。胞内分枝杆菌、鸟分枝杆菌、浅黄分枝杆菌、偶然分枝杆菌对对氨基水杨酸的耐药率较高,瘰疬分枝杆菌对对氨基水杨酸的耐药率较低。偶然分枝杆菌、浅黄分枝杆菌、龟/脓肿分枝杆菌对丙硫异烟胺的耐药率>50%,其他NTM菌种对丙硫异烟胺的耐药率均<50%。龟/脓肿分枝杆菌、瘰疬分枝杆菌对卡那霉素的耐药率>90%,而戈登分枝杆菌、浅黄分枝杆菌对卡那霉素的耐药率为0。

表 4 NTM不同菌种的耐药情况(n,%) Tab. 4 Drug resistance of NTM species (n, %)
NTM species n Isoniazid Rifampin Streptomycin Ethambutol
Mycobacterium intracellulare 115 114(99.13) 86(74.78) 108(93.91) 108(93.91)
Mycobacterium avium 60 59(98.33) 46(76.67) 50(83.33) 22(36.67)
Mycobacterium chelonae/Mycobacterium abscessus 81 79(97.53) 81(100.00) 80(98.77) 77(95.06)
Mycobacterium fortuitum 17 16(94.12) 13(76.47) 15(88.24) 16(94.12)
Mycobacterium gordonae 4 3(75.00) 1(25.00) 2(50.00) 3(75.00)
Mycobacterium kansasii 41 40(97.56) 17(41.46) 15(36.59) 10(24.39)
Mycobacterium gilvum 5 5(100.00) 3(60.00) 4(80.00) 2(40.00)
Mycobacterium scrofulaceum 3 3(100.00) 2(66.67) 2(66.67) 2(66.67)
NTM species Levofloxacin Amikacin p-Aminosalicylic acid Prothionamide Kanamycin
Mycobacterium intracellulare 70(60.87) 88(76.52) 112(97.39) 10(8.70) 80(69.57)
Mycobacterium avium 23(38.33) 37(61.67) 58(96.67) 6(10.00) 46(76.67)
Mycobacterium chelonae/Mycobacterium abscessus 72(88.89) 79(97.53) 54(66.67) 46(56.79) 76(93.83)
Mycobacterium fortuitum 6(35.29) 13(76.47) 16(94.12) 16(94.12) 14(82.35)
Mycobacterium gordonae 1(25.00) 1(25.00) 2(50.00) 0(0) 0(0)
Mycobacterium kansasii 3(7.32) 19(46.34) 35(85.37) 16(39.02) 34(82.93)
Mycobacterium gilvum 2(40.00) 1(20.00) 5(100.00) 3(60.00) 0(0)
Mycobacterium scrofulaceum 1(33.33) 0(0) 1(33.33) 0(0) 3(100.00)
3 讨论

NTM是指除结核分枝杆菌复合群和麻风分枝杆菌之外的分枝杆菌的总称,其曾用名很多,包括机会性分枝杆菌、非典型分枝杆菌、野种分枝杆菌、未分类分枝杆菌、副结核杆菌等。目前共发现14个亚种,多数为寄生菌,仅少数可致病,属于条件致病菌[6]。近年来,结核病得到了有效控制,但NTM的分离率并不乐观,其诱发的肺组织疾病受到全球的广泛关注[7]。NTM在灰尘、土壤、水等自然环境中广泛存在,有些对重金属、消毒剂耐受,导致饮用水中也可能存在NTM,人主要从环境中获得感染[8]。NTM患者个体和区域之间有明显的差异表型。苏州地区鉴定的NTM中,胞内分枝杆菌占比高达57.20%;其次为堪萨斯分枝杆菌,占比为25.00%;此外还分离出草分枝杆菌。徐州市分离的胞内分枝杆菌占比为42.86%,其次为鸟分枝杆菌。天津市分离的胞内分枝杆菌占比只有29.08%,分离的浅黄分枝杆菌占比最低。NTM种类较多,分离率逐年上升,很多NTM病的临床表现与肺结核极为相似,只有通过分离鉴定NTM菌株,分析其耐药性,才能提高临床治疗的效果[9-11]

NTM感染的发病率与年龄相关,随着年龄的增加,其发病率逐渐上升。在中国,男性NTM感染的发病率高于女性[6]。本研究分离的326株NTM分别来自201例男性和125例女性,男性明显多于女性,且61~80岁患者明显多于≤60岁患者。

随着分子生物学的发展,新的菌种不断被发现,亲缘关系也逐渐被鉴定,使得NTM的分类更加细化。例如:脓肿分枝杆菌复合群由3个亚群组成,分别为脓肿分枝杆菌、马赛分枝杆菌、博莱分枝杆菌。鸟型分枝杆菌复合群亚种最多,包括胞内分枝杆菌、鸟分枝杆菌、马萨分枝杆菌、奇美拉分枝杆菌、伤口分枝杆菌等[6]。本研究采用DNA微阵列芯片分析于河南地区分离获得的326株NTM,共鉴定出8个菌种,其中胞内分枝杆菌占比最高,分离率为35.28%,其次是龟/脓肿分枝杆菌。对天津地区NTM菌种分布的调查也发现,胞内分枝杆菌的分离率最高,其次为龟/脓肿分枝杆菌[11],与本研究结果一致。大理地区NTM菌种分布中,临床分离率最高的为鸟分枝杆菌,其次为脓肿分枝杆菌[12]。本研究分离鉴定结果也符合河南省2013——2018年NTM的流行特征[13],虽然分离率有差距,但总体趋势一致,均为胞内分枝杆菌占比最高。

NTM对常见抗结核类药物的耐药性极高[14-15]。本研究中,NTM对异烟肼的耐药率高达97.85%,对链霉素、利福平、左氧氟沙星、阿米卡星、乙胺丁醇、对氨基水杨酸、丙硫异烟胺、卡那霉素的耐药率分别为84.66%、76.38%、54.60%、73.01%、73.62%、86.81%、29.75%、77.61%,仅对丙硫异烟胺的耐药率较低。秦中华等[16]报道了339株NTM,对异烟肼的耐药率最高,为96.9%,与本研究的结果基本一致。吴海良等[17]也报道NTM对利福平的耐药率为70%,对异烟肼的耐药率为97.5%,对阿米卡星的耐药率为70%,表明NTM对异烟肼、利福平等抗结核药物有极高的耐药性,而对既往认为耐药性较低的阿米卡星的耐药性明显上升。本研究的药敏结果还显示,除戈登分枝杆菌外,其余NTM菌种对异烟肼的耐药率均>94%;分离率较高的龟/脓肿分枝杆菌对异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇耐药率均>95%。NTM对丙硫异烟胺的总耐药率较低,这对NTM病的治疗具有指导意义。目前,虽然针对某些NTM有推荐的药敏试验方法及药物临界浓度,但仅经过为数不多的临床病例评价,且体外药敏试验结果与临床效果的关系尚不明确,比较明确的是阿米卡星耐药与鸟型分枝杆菌复合群、脓肿分枝杆菌感染治疗失败有关[6]。本研究也发现,龟/脓肿分枝杆菌对阿米卡星的耐药率为97.53%,胞内分枝杆菌和鸟分枝杆菌对阿米卡星的耐药率分别为76.52%和61.67%。

NTM种类较多,且新的菌种不断被发现,随着分子生物学的发展,亲缘关系亦逐渐被鉴定。但NTM对常见的抗结核类药物的耐药性极高,因此临床治疗NTM病时,应尽量通过菌株鉴定及药敏试验结果选择合适的药物,同时亟须研发新的抗NTM药物,这对后续提高治疗效果有重要的意义。

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韦旭
WEI Xu
2018—2020年平顶山地区非结核分枝杆菌菌种鉴定及耐药性分析
Identification and drug resistance analysis of nontuberculous mycobacteria in Pingdingshan region from 2018 to 2020
微生物与感染, 2022, 17(2): 65-70.
Journal of Microbes and Infections, 2022, 17(2): 65-70.
通信作者
韦旭
E-mail:mifengfei12698@126.com

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