ISSN 1673-6184 CN 31-1966/R
《微生物与感染》自从2006年由《国外医学.微生物学分册》改为学术期刊并公开发行以来，已度过了整整5年。在学术实力强大和学科门类交叉的编委会（包括9位国际编委和88位国内编委）、编辑部、作者与读者的共同关心与努力下，确定办刊宗旨为建立一个学科间交叉、基础联系临床和公共卫生预防的平台，以利于促进学科间交叉、传播科研成果、培养学科人才和促进国内外学术交流。本刊涉及的学科包括基础医学、临床医学、预防医学、公共卫生学、疫苗学等；主要发表有关突发传染病、人畜共患感染、流行病学、卫生防疫学及与生物制品相结合的研究成果。 5年来，本刊发表了包括述评、特约专稿、论著、病例分析、综述、讲座等学术论文近400篇；影响因子由0.076逐年递增至2010年的0.426；已拥有了《微生物与感染》的独立网站（http://jmi.fudan.edu.cn/）；建立了涵盖境内外一流专家、学者的审稿队伍......
近10年来，感染病学界的疾病谱呈现出独特的景象。重大传染病中的乙型肝炎持续性下降，最新的全国流调已经显示HBsAg携带率为7.18%，处于持续下降中；HIV新发病例正以隐蔽的方式持续增长；结核病的发病率经过长期的努力终于持平，维持在107/10万的高水平。在这种喜忧参半的大背景下，SARS、甲流以及手足口病则间歇性地发出振聋发聩的强音符，使感染病学界出现前所未有的热闹景象，一时间不仅仅与之密切相关的微生物学与免疫学基础科学家重新关注感染性疾病的基础研究，其他如分子生物学、基因组学、蛋白质组学、表观遗传学、生物信息学等领域的专家无不开始涉足感染性疾病的研究。但也有人认为感染病时代即将结束而进入一个转折点......
本文通过对未经抗病毒治疗患者的人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）毒株进行检测，了解上海地区HIV-1的亚型分布及原发耐药基因变异现状。对118例未经治疗的HIV感染者其标本中HIV蛋白酶全长和部分反转录酶基因进行反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增，经DNA测序后进行系统进化树分析和重组分析，以确定HIV-1基因亚型和重组体，并与斯坦福耐药数据库比对，了解耐药性突变位点。使用斯坦福REGA HIV亚型分型工具和美国国立生物技术信息中心（NCBI）HIV亚型分析工具分析亚型，获得118例患者的HIV基因序列，基因分型分别为CRF01_AE重组体57例(48.3%)、B亚型36例(30.5%)、CRF07_BC 15例 (12.7%)、CRF08_BC 7例(5.9%)、C亚型2例(1.7%)，亚型间或重组体间二重重组体(B/CRF01_A E)1例(0.8%)。蛋白酶抑制剂(PI)和反转录酶抑制剂相关的耐药基因突变率达54.2%（64/118），其中2例（1.7%）发生PI耐药，基因突变位点：M46L、Q58E。5例(4.1%)对反转录酶抑制剂产生耐药，其中对核苷类反转录酶抑制剂（NRTI）和非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTI）的耐药率分别为3例(2.4%)和5例(4.1%)。基因突变位点：NRTI为M41L、D67N、T69I/N/S、K70L、L74V、V75L、V118I、M184V、L210W/F/M/S和T215F；NNRTI为V90I、L100V、K103R/N、V106M/P/I/G、E138G/A、V179E/D/T、Y181C、G190A、H221Y、F227L、K238S和Y318F。结果提示，上海地区HIV毒株以CRF01_AE重组亚型为主，且发现新的重组体，可能出现新重组体流行的趋势。PI和反转录酶抑制剂相关的耐药基因突变率较高，且存在高度原发耐药毒株，应加强HIV-1耐药基因变异监测，科学、合理地给予抗病毒治疗。
本文旨在建立一种快速、高效的方法检测肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A16型(CA16)的方法，以用于儿童手足口病的病原学监测。通过设计肠道病毒通用引物和CA16与EV71的型特异性引物，建立不同引物浓度配比及两阶段退火温度以提高检测敏感性和特异性的多重反转录聚合酶链反应（RT-PCR）方法，并对首都儿科研究所附属儿童医院2010年3~10月收集的371例手足口病患儿共381份临床标本同时进行病毒分离和核酸检测。结果显示，本研究建立的多重RT-PCR方法对CA16和EV71的最低模板检测浓度分别为5.32 pg/ml和0.64 pg/ml，反应特异度为100%。应用该方法检测381份手足口病临床标本的总阳性率为78.4%，其中CA16与EV71的检测阳性率分别为32.6%和35.8%，二者检测阳性比为1:1.1。以病毒分离为标准，多重RT-PCR对CA16及EV71检测的准确率分别为95.2%和98.6%。因此，本研究新建立的多重RT-PCR方法准确、简便，适用于较大量样本的手足口病病原学监测。2010年引起北京地区儿童手足口病的主要病原为CA16和EV71。
本文旨在通过检测30例2009甲型H1N1流行性感冒（A/H1N1/2009流感）患者经奥司他韦治疗前、后血清中细胞因子的变化特点，探讨其可能的发病机制。30例患者分别设为奥司他韦治疗前组和治疗后组，另选取健康志愿者20例为对照组。采用酶联免疫吸附试验，检测患者血清白细胞介素10（IL-10）、IL-2、IL-8及γ干扰素(IFN-γ)水平。结果显示，A/H1N1/2009流感患者治疗前组血清中IL-10、IL-2、IFN-γ及 IL-8水平均较对照组显著升高（P <0.05）；治疗后组血清中IL-10、IL-2、IL-8水平仍较对照组显著升高（P <0.05），但IFN-γ水平较对照组变化不显著（P >0.05）。A/H1N1/2009流感患者治疗前、后组比较，IL-10水平变化不显著（P >0.05）；与治疗前组相比，治疗后组中IL-2、IFN-γ 显著降低，而IL-8水平显著升高（P <0.05）。结果提示， IL-10、 IL-2、IFN-γ和IL-8 均可能与A/H1N1/2009流感发病机制有关，IL-2、IL-8和IFN-γ可能参与奥司他韦的抗A/H1N1/2009流感机制。
通过检测梅毒患者经正规治疗前后血清抗体变化，评价梅毒实验室各种血清学试验方法对梅毒的诊断和随访的临床意义。 本文采用暗视野显微镜检查梅毒螺旋体、RPR、TPPA和TP-IgM ELISA等试验方法对135例梅毒患者正规治疗前后的血清进行检测。结果显示，治疗前，一期（硬下疳）梅毒血清试验的敏感性分别为83.3%、91.7%和91.7%，暗视野检查全部阳性；二期梅毒血清试验的敏感性均为100.0%；早期潜伏梅毒血清试验的敏感性分别为88.9%、100.0%和88.9%，说明了三种梅毒血清学试验对未治疗的梅毒患者的诊断中， TPPA试验的灵敏度最高。正规治疗12个月后，一期硬下疳梅毒患者RPR血清试验与TP-IgM-ELISA试验结果均为阴性；二期梅毒血清试验阴性分别为64.5%和67.7%，基本一致；早期潜伏梅毒血清试验阴性均为38.9%。即对正规治疗后的梅毒患者的随访，TP-IgM-ELISA试验阴性，RPR试验基本上也阴性，由于TP-IgM-ELISA试验的试剂昂贵，可以用RPR代替。综上所述，TPPA和RPR试验用于梅毒的常规诊断和随访仍是最好的试验方法。
少动鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas paucimobilis) 是一种少见的条件致病菌。可引起手术后感染、创伤后腿部溃疡、菌血症、脑膜炎、慢性蜂窝织炎、手术后眼内炎等，未查见累及心瓣膜的报道。本文报道1例临床观察到的少动鞘氨醇单胞菌所致感染性心内膜炎。该患者为中年男性，因“反复发热2月余”入院。以发热伴左上腹痛为首发症状，影像学显示脾梗死，查体发现皮肤瘀点、心脏杂音，辅助检查发现有一过性贫血、镜下血尿，类风湿因子阳性，心超显示新出现的瓣膜返流，抗菌药物治疗有效。外周血培养报告，4次培养出少动鞘氨醇单胞菌。药敏结果示全敏感菌，给予抗感染治疗及二尖瓣置换术后痊愈。文献中该菌常引起血流感染，大多发生在免疫缺陷患者中，以院内感染多见。此例少动鞘氨醇单胞菌引起心内膜炎为社区感染，发生在免疫力正常人中，且为全敏感菌，甚为少见。
目前“emerging ” 一般翻译为“新现”，但本文中“emerging virus”实际包含两层含义：它是新出现的，并且会威胁人类健康。一种新现病毒，既可以是之前从未出现过的，也可以是之前出现过，而现在重新出现，或体现出新的特性而重现。2009年，数种新现病毒肆虐，全球出现大量感染和死亡病例，并蒙受巨大的经济损失。因此，新现病毒受到公众卫生部门和流行病专家的高度关注。自20世纪90年代初，新现一词常被滥用，以描述一些迄今尚不明确的感染，这些感染实际多是一种被控制后在另一地区或以新的活力出现，这两种情况也可同时出现。其中，除了被分离并报道的一部分病例，这些感染只有一些热带病专家和动物疾病专家去关注，而被大部分微生物学专家和临床医生忽略。近年来......
