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乙型肝炎病毒聚合酶蛋白多态性的生物信息学分析及其意义
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陈喆1; 朱悦2; 李亦学2; 闻玉梅1 |
1复旦大学上海医学院医学分子病毒学重点实验室,上海 200032
2上海生物信息技术研究中心 |
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陈喆; 朱悦; 李亦学; 闻玉梅 |
CHEN Zhe1; ZHU Yue2; LI Yi-xue2 ; WEN Yu-mei1 |
Key Laboratory of Medical Molecular Virology, Ministry of Education and Health, Fudan University, Shanghai 200032, China |
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摘要: 目的 通过Bio-HBV生物数据库,针对乙型肝炎病毒(HBV)聚合酶蛋白序列进行多态性分析。方法 构建Bio- HBV生物数据库,获得国际基因序列库中所有完整的聚合酶蛋白并进行比对,采用信息熵评价序列位点的保守性,结合BLOSUM 90评分系统和PAML方法,寻找选择压力下的理化性质异常的氨基酸替换模式。结果 rt266-271内频发理化性质异常的氨基酸替换,并且具有高度的统计学意义。此外,还用生物信息学的方法分析了聚合酶蛋白的TP、RT和RH功能域的保守性。结论 用生物信息学验证了功能域内已知生物学特性位点的保守性,还从结构生物学出发,推测潜在的功能位点及其意义。
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关键词 :
聚合酶蛋白,
多态性分析,
TP域,
Spacer域,
RT域,
RH域
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Key words:
B virus
Polymerase protein
Polymorphism
TP domain
Spacer domain
RT domain
RH domain
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