ISSN 1673-6184 CN 31-1966/R
生命科技的蓬勃发展与全球化步伐的持续加速，为人类社会带来了诸多福祉。然而，生物技术的两用特征和传染病严峻的流行趋势带来了一系列生物安全隐患，引发了世界性的生物安全问题。随着国际形势的日趋复杂，生物安全这一非传统安全问题已成为国家安全体系的重要组成部分。本文通过分析典型两用生物技术的潜在威胁及新发突发传染病的发展趋势，指出我国生物安全领域面临的挑战性问题。同时结合研究发达国家在战略、政策与技术方面应对生物安全的重要举措，从战略布局、科技创新、团队建设、政策支持等方面为我国在两用生物技术的生物安全领域的发展提出建议。
本研究旨在分析重症手足口病患者体内雌二醇与细胞因子的相关性，为手足口病诊断和救治提供重要依据。收集临床诊断手足口病患儿的标本，用荧光定量反转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction，RT-PCR)进行肠道病毒71型(enterovirus 71，EV71)和其他肠道病毒的检测，同时采用化学发光免疫和Milliplex多因子检测技术分析血清中的雌二醇和细胞因子。结果显示，手足口病重症组、轻症组、健康对照组的雌二醇水平分别为(6.12±6.08)pg/mL、(30.2±10.16)pg/mL、(20.62±7.43)pg/mL，差异有统计学意义；重症组与轻症组之间γ干扰素(interferon γ，IFN-γ)、白细胞介素8(interleukin 8，IL-8)和IL-6水平差异有统计学意义，血清中IL-8和IL-6水平与雌二醇水平呈负相关。结果证实，手足口病患儿血清中雌二醇水平与IFN-γ、IL-8和IL-6水平密切相关，可作为重症手足口病临床判断的生物标记，有助于临床判断疾病严重程度，提早干预治疗，为防治重症并发症提供依据。
以金黄色葡萄球菌为宿主菌，从奶牛场废水样品中分离到两株烈性噬菌体，分别命名为phiSA_BS1和phiSA_BS2。电子显微镜观察显示其头部呈多面体对称，有伸缩性尾部。对这两株噬菌体的一步生长曲线、温度耐受性和pH耐受性进行研究，发现两者均裂解3株金黄色葡萄球菌，但不能裂解1株表皮葡萄球菌。进一步分析它们的全基因组序列，发现phiSA_BS1基因组大小为 142 978 bp，GC含量为 29.80%，预测到201个开放读码框(open reading frame，ORF)，未预测到tRNA基因；phiSA_BS2基因组大小为 149 230 bp，GC含量为 29.61%，预测到210个ORF和1个tRNA基因。系统发育分析表明，这两株噬菌体同属肌尾噬菌体科，属于新的金黄色葡萄球菌噬菌体，可能为治疗金黄色葡萄球菌相关的奶牛乳腺炎提供新的方法。
近年来，随着技术的进步、测序成本的降低，全基因组测序(whole-genome sequencing，WGS)技术开始应用于结核分枝杆菌传播的研究。本研究采用基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)的分型方法评价多位点数目可变串联重复序列(variable-number tandem-repeat，VNTR)分型判断泛耐药结核分枝杆菌(extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis，XDR-TB)传播及成簇特征的准确性。对2003—2009年重庆市肺科医院诊断的55例XDR-TB菌株分别进行9＋3个位点的VNTR分型和WGS分析，分别构建系统进化树，并比较两种方法判断成簇的一致性与差异。VNTR分型方法鉴定出45个基因型，其中39株为单一基因型，16株(29.1%)分别归入6个基因簇。规定菌株间差异不超过12个SNP即为成簇，WGS将20株(36.4%)分为5个簇。两种方法判断成簇的一致性为 63.6%。与WGS相比，VNTR分型的灵敏度为 40.0%，特异度为 77.1%。相比于WGS，VNTR分型特异度较高，但仅凭其结果可能会错误估计XDR-TB的传播性。因此，规定菌株间相差不超过12个SNP即有近期传播关系是否适用于XDR-TB，有待进一步研究。
柯萨奇病毒A16型(coxsakievirus A16，CA16)是引起手足口病的主要病原，但其发病及相关免疫机制尚不清楚，导致其疫苗研发面临诸多困难。众多研究表明，呼吸道黏膜上皮细胞及其相关免疫细胞尤其是天然淋巴细胞(innate lymphoid cell，ILC)，在很大程度上促进病毒感染中天然免疫和适应性免疫反应的激活。然而，ILC在CA16感染诱导的免疫反应中如何发挥作用仍未知晓。为揭示CA16感染过程中ILC与病原的相互关系及发挥的作用，首先利用定量反转录-聚合酶链反应(quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction，qRT-PCR)检测CA16感染的人支气管上皮细胞16HBE和以特别配制的佐剂导入CA16灭活抗原的小鼠支气管上皮细胞CP-M175中对ILC具有激活效应的重要基因表达情况。然后，将特别配制的CA16灭活疫苗通过鼻腔免疫BALB/c小鼠，分析呼吸道黏膜组织中ILC与病毒抗原之间的相互关系。体内外实验结果均显示，CA16活病毒和灭活的病毒抗原能诱导ILC活化所需信号通路分子的表达增加，且ILC分泌的细胞因子表达增加。免疫荧光和共聚焦显微镜观察结果亦证实，病毒抗原与ILC1/ILC3分别存在共定位现象。比较4种途径/程序免疫的小鼠体内抗CA16中和抗体和特异性细胞免疫应答情况，发现采用特别配制的CA16灭活疫苗免疫小鼠能诱导产生较好的抗病毒免疫应答。结果提示，CA16抗原能通过激活ILC及其相关信号通路诱导产生有效的免疫反应。
采用二代测序(next-generation sequencing，NGS)技术，对上海生物制品研究所有限责任公司(简称SIBP)2015—2017这3个年度生产的Oka株水痘疫苗进行深度测序，从分子水平分析疫苗质量的一致性，并与不同厂家疫苗/毒种进行比较，分析它们之间的遗传特征相关性。结果显示，3个年度生产的水痘疫苗中平均有77个位点的疫苗型位点检出频率(proportion of vaccine-type allele，Pv)≥10%，至少在两批疫苗中出现Pv≥10%的位点数共76个，两两之间Pv最大差值<10%，与平均值的最大差值为<5%。共有40个位点的Pv均值≥30%，其中19个位点导致氨基酸残基变异；15个位于ORF62区域。筛选出35个位点，比较5个公司水痘疫苗/毒种的Oka株病毒基因序列，结果显示它们之间存在相关性，同时存在一定的差异。研究表明，SIBP不同年度生产的水痘疫苗Oka株病毒具有良好的分子水平上的一致性，为疫苗质量管理与市场监督提供了方法和基础数据。
潘多拉菌是一种革兰阴性非发酵菌，隶属伯克霍尔德菌属。国内潘多拉菌感染鲜有临床报道。本实验室在1例新生儿血培养中检出一株革兰阴性杆菌，经生化、药敏试验及16S rRNA基因测序等方法鉴定，确定是潘多拉菌属。
临床上，感染性疾病由于诊断不明或诊断时间较长导致严重后果的情况并不罕见。近年来，由于新型病原体感染报道层出不穷，现有病原体出现耐药也十分普遍，导致感染性疾病的诊断和治疗仍是临床上亟待解决的难题。核酸适配体是通过体外反复筛选或指数富集配体系统进化(systematic evolution of ligands by exponential enrichment，SELEX)技术筛选出来的一类具有特异性识别能力的寡核苷酸序列，具有靶向结合目标分子的能力，可用于病原体检测和新型治疗性药物的开发。适配体已在感染性疾病诊治中显现良好的应用前景，进一步推进相关研究有望为感染性疾病的诊治提供新的途径。
人类与大量细菌、真菌和病毒共同生存、进化了数百万年，已初步从分子水平了解了极少数特定细菌与癌症之间的病原学关系。随着二代测序技术的逐步成熟，将进一步推动对微生物尤其是肠道细菌的深入研究，从而解析细菌与癌症之间的分类学和代谢组学关系。本文主要综述了肿瘤组织及其周边微环境中的细菌以直接和（或）免疫调节方式介导肿瘤发生发展的机制。
