杨德全1,鞠厚斌1,管踦一2,葛菲菲1,李鑫1,沈海潇1,赵洪进1,王建1,周锦萍1
根据病毒的致病性,猫冠状病毒(feline coronavirus, FCoV)可分为猫肠道冠状病毒(feline enteric coronavirus, FECV)和猫传染性腹膜炎病毒(feline infectious peritonitis virus, FIPV)两种生物型。为分析上海地区FIPV部分基因的序列特征,本研究对3株FIPV的非结构蛋白基因ORF3(3a、3b和3c)、ORF7(7a和7b)、S2基因序列进行测序及进化分析。收集上海某宠物医院于2018年7月~2018年9月接诊的3例经临床初步诊断患猫传染性腹膜炎(feline infectious peritonitis,FIP)的猫腹水样品,参照试剂盒说明书提取猫腹水中病毒RNA,采用反转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)对3株FIPV的非结构蛋白基因ORF3、ORF7和S2基因序列进行扩增并测序,构建进化树进行分析。结果显示:3株FIPV的非结构蛋白基因ORF 3a、ORF 3b和ORF 3c的变异主要表现为点突变,ORF 7a基因在第47位发生氨基酸替换,2个具有完整的ORF 7b基因,而1个存在3个核苷酸(nucleotide, nt)的缺失;S基因的S1/S2裂解位点处有连续的R-R-S/A-R-R-S序列模体,符合FIPV裂解位点的氨基酸序列特征,且第 1 045 位甲硫氨酸被亮氨酸替换。遗传进化树显示,3株FIPV的非结构蛋白基因ORF 3c、ORF 7b及S2基因序列与血清型Ⅰ型毒株的亲缘关系最近,表明这3株病毒属于血清型Ⅰ型毒株。推测S基因的突变可能参与了FCoV组织嗜性的改变,这为FIPV的分子流行病学调查提供了资料。