马华杰1,邬敏1,张占卿1,袁正宏2,易志刚1,2,张小楠1,3
在单细胞水平研究肝组织内乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)是十分重要的,但相关研究技术尚处于推进阶段,不能满足临床需要。基于微滴数字聚合酶链反应技术(digital droplet polymerase chain reaction,ddPCR),本研究建立了一套单细胞水平绝对定量HBV DNA和RNA的单细胞微滴数字PCR方法(single-cell ddPCR, sc-ddPCR)。通过混合不同比例的HBV阳性和阴性细胞来模拟HBV慢性感染状态下的肝脏,分析此方法检测HBV DNA的线性和检测下限。以cccDNA来源RNA(episome-derived RNA, eRNA)为例,进一步设计针对eRNA的sc-ddPCR检测方案。利用不同来源转录本在结构上的差异,设计针对eRNA的特异性引物探针体系,在HBV肝癌细胞系中验证此引物和探针体系的特异度,并利用梯度稀释的HBV细胞株分析此方法检测eRNA的线性和检测下限。结果显示,本研究建立了基于ddPCR的DNA和RNA的单细胞水平检测方法,该方法表现出良好的线性(HBV DNA:R2=0.998 7;eRNA: R2=0.942 5),梯度稀释的HBV细胞株均能准确检测出阳性信号,具有高灵敏度(检测下限:HBV DNA为0.16%,eRNA为0.2%)。本研究建立的sc-ddPCR方法可针对多种DNA和RNA进行检测,为进一步研究肝组织内 HBV 病毒学活动提供了良好的技术支撑,可以更深入地分析肝组织内HBV的病毒学特征,从而有利于 HBV 治疗策略的优化和研发,具有广阔的应用前景。