微生物与感染
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微生物与感染
2022年 17卷 3期
刊出日期 2022-06-25
论著
综述
论著
129
王虹1，施美芳2，杨浩1，邬永琳1，肖振明1，谯鹏1，屈一帆1，荣星喻1，赵超1，3
基于TaqMan探针多重实时荧光PCR的肠道特殊菌群绝对定量方法的建立
本研究旨在建立对肠道主要共生菌的快速定量方法。根据细菌16S rRNA基因的保守序列并参考相关研究，设计针对总肠道菌群的通用引物和探针，以及针对双歧杆菌属、肠球菌属和肠杆菌科的特异性引物和探针，采用引物设计工具(Primer-BLAST) 以及聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)扩增以验证引物和探针的特异性。通过分子克隆技术，构建各目标菌属目的基因的重组质粒作为qPCR检测的标准模板，选择标准模板进行重复性实验，并计算组内和组间重复变异系数。用所建立的方法对不同年龄段的临床粪便标本进行3类细菌的检测，并初步分析这些菌群与增龄的关系。结果显示，引物和探针具有较高的特异性；各目的细菌标准曲线在一定范围内线性关系良好，总菌群或各目标菌属的线性范围分别为：总菌群2.9×10
3
～2.9×10
12
copies/μL、双歧杆菌3.1×10
2
～3.1×10
9
copies/μL、肠球菌5.9×10
2
～5.9×10
9
copies/μL、肠杆菌6.3×10
2
～6.3×10
9
copies/μL，决定系数
R
2
≥ 0.995；检测的最低拷贝数为总菌群7.5×10
2
copies/μL、双歧杆菌 46 copies/μL、肠球菌 37 copies/μL、肠杆菌 51 copies/μL；重复性实验变异系数在1.32%以下，具有良好的可重复性。对不同年龄段临床粪便标本检测的结果显示，肠球菌和肠杆菌含量随增龄呈增长趋势，且老年组含量显著高于青年组，但在高龄老年人中未发现肠球菌数量增加。双歧杆菌含量随增龄减少，且各组间差异显著，在高龄老年人中也未观察到双歧杆菌显著减少。结果提示，本研究建立了一种可供临床推广的菌群绝对定量方法，能够同时检测3类细菌和菌群总量，对于菌群定量研究具有实际意义。
2022 Vol. 17 (3): 129-138 [
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139
于尹，冯飞，马艳龙，朱云凯，叶荣，张荣
鼠肝炎病毒A59毒株感染性克隆的构建及应用
鼠肝炎病毒(mouse hepatitis virus，MHV)是研究冠状病毒的模式病毒，但传统的病原学研究方法局限于自然界分离的病毒，不利于研究的开展。反向遗传操作系统可快速获得研究所需的重组病毒，为研究MHV及其他冠状病毒的基因组功能开辟了新途径。本研究通过反转录聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase chain reaction，RT-PCR)将MHV的原始毒株A59全长基因组分成6个片段进行扩增，分别克隆到质粒载体，经酶切、体外连接和转录获得全长基因组RNA，然后电转细胞并进行病毒扩增。结果显示，重组病毒rA59与原始毒株的复制特性相似，其为研究MHV的生物学特性提供了实验工具。为方便检测病毒的复制水平，在病毒基因组开放阅读框4(open reading frame 4，ORF4)内分别插入绿色荧光蛋白ZsGreen(
Zoanthus
sp. green fluorescent protein)和荧光素酶Nluc(NanoLuc luciferase)报告基因，获得rA59-ZsGreen和rA59-Nluc重组报告病毒。结果显示，报告病毒所携带的报告基因并不影响病毒复制，可很好地反映病毒的复制特性。使用这两种病毒验证瑞德西韦(remdesivir)的抗病毒活性，分别检测药物处理后病毒的荧光亮度和荧光素酶活性。结果表明，rA59-ZsGreen和rA59-Nluc重组报告病毒适用于高通量药物筛选，具有重要的应用前景。综上所述，本研究成功建立了MHV A59毒株六质粒反向遗传操作系统，为研究MHV的生物学特性和测试抗病毒药物等提供了有力的工具。
2022 Vol. 17 (3): 139-147 [
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148
郭静，陈宏，宋炜，齐唐凯，刘莉，张仁芳，王珍燕，汤阳，陈军，孙建军，徐水宝，杨君洋，王江蓉，沈银忠
Xpert MTB/RIF在人类免疫缺陷病毒感染/艾滋病患者中诊断结核病的价值
为探讨利福平耐药结核分枝杆菌实时荧光定量核酸扩增检测技术(Xpert
Mycobacterium tuberculosis
/rifampicin，Xpert MTB/RIF)在人类免疫缺陷病毒感染/艾滋病(human immunodeficiency virus infection/acquired immunodeficiency syndrome，HIV/AIDS)患者中诊断结核病的价值，本研究回顾性分析了2018年1月1日—2020年12月31日复旦大学附属公共卫生临床中心感染与免疫科收治的801例HIV/AIDS合并疑似结核病患者的临床资料。801例患者中，657例进行了Xpert MTB/RIF、外周血结核感染T细胞斑点试验(tuberculosis T cell spot test，T-SPOT.TB)、抗酸染色涂片镜检和BACTEC MGIT 960液体培养等检测。以液体培养及菌型鉴定结果作为结核病诊断的“金标准”，确诊结核病92例，Xpert MTB/RIF、T-SPOT.TB、抗酸染色涂片镜检在HIV/AIDS患者中诊断结核病(包括肺结核和肺外结核)的灵敏度分别为72.8%、55.4%和69.6%，特异度分别为96.8%、90.3%和84.4%，与“金标准”行一致性检验，Kappa值分别为0.719 (
P
<0.01)、0.430(
P
<0.01)和0.424(
P
<0.01)。Xpert MTB/RIF检测502份呼吸道样本，结果显示其诊断肺结核的灵敏度和特异度分别为66.7%和96.0%；在痰涂片阳性和阴性的患者中，Xpert MTB/RIF诊断肺结核的灵敏度分别为77.4%和35.2%，特异度分别为87.7%和 97.8%。采用Xpert MTB/RIF检测343份肺外标本，结果显示其诊断肺外结核的灵敏度和特异度分别为63.3%和95.2%。以上结果提示，Xpert MTB/RIF在HIV/AIDS患者中诊断结核病(包括肺结核和肺外结核)具有较高的灵敏度和特异度，诊断肺结核的灵敏度高于肺外结核，因此推荐将其作为HIV/AIDS患者疑似结核病的首选检测方法。
2022 Vol. 17 (3): 148-155 [
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综述
156
周嘉炜1，王嘉琪2，丁洋1，朱少帅1，冯俞琪1，任浩2
黄热病现状及其疫苗的研究与应用
黄热病(yellow fever，YF)是一种经由伊蚊叮咬传播的急性出血性传染病，流行区主要集中在非洲西部、南美洲等热带地区，临床症状包括高热、恶心、呕吐、黄疸、出血等。黄热病的病原体为黄热病毒(yellow fever virus, YFV)，是黄病毒科黄病毒属的单股正链RNA病毒。目前，YF治疗尚无特效药物，以对症治疗和支持治疗为主，接种YF-17D减毒活疫苗是最有效的预防方法。尽管YF-17D已被全球认可，但是疫苗接种所致的不良反应时有报道。本文对近年黄热病的流行情况、疫苗研究进展和应用进行综述。
2022 Vol. 17 (3): 156-162 [
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163
张春菁，谢宗会，万成杰，杨再昌
结核分枝杆菌外排泵研究进展
结核病是由结核分枝杆菌(
Mycobacterium tuberculosis
，
Mtb
)引起的一种传染病。随着多药耐药和广泛耐药结核分枝杆菌的出现，结核病的治疗变得更为艰难。近年来研究发现，结核分枝杆菌存在外排泵是其耐药的原因之一，现已发现结核分枝杆菌的主要易化子超家族(major facilitator superfamily，MFS)、三磷酸腺苷(adenosine-triphosphate，ATP)结合盒超家族(ATP-Binding Cassette，ABC)、耐受小节分裂区家族(resistance-nodulation-division，RND)和小耐多药性家族(small multidrug resistance，SMR)外排泵。但是人们对结核分枝杆菌外排泵介导的耐药现象认识不足，仍缺乏从新药发现角度研发外排泵抑制剂的研究。本文拟对结核分枝杆菌的ABC、MFS、RND和SMR外排泵的结构和功能，以及结核分枝杆菌外排泵抑制剂的研究进展进行综述。
2022 Vol. 17 (3): 163-171 [
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172
葛燕梅，童华诚
克氏棒杆菌与肉芽肿性乳腺炎相关性的研究进展
克氏棒杆菌是棒杆菌属的一员，基因组序列分析显示其具有亲脂性(需要脂质)的特点。克氏棒杆菌的临床分离株几乎均来自女性患者，且主要分离自乳腺脓肿和肉芽肿性乳腺炎(granulomatous mastitis，GM)患者的病变乳房组织样本，但其在乳腺病理中的作用尚不明确。本文对克氏棒杆菌与GM相关性的研究进展进行了综述。
2022 Vol. 17 (3): 172-177 [
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178
秦珍珍，栗凤霞
二代益生菌嗜黏蛋白阿克曼菌与慢性疾病的研究进展
随着人们对肠道菌群研究的深入，越来越多的证据表明肠道菌群失调与许多慢性疾病的发生和进展密切相关。目前，采用益生菌治疗疾病已成为国际热点，而嗜黏蛋白阿克曼菌(
Akkermansia muciniphila
，
A. muciniphila
)作为人类肠道黏液层中的常见定植菌，逐渐被认为是二代益生菌中有前途的候选者。本文综述了
A. muciniphila
对慢性疾病的改善作用及其可能机制，从而为疾病治疗提供新思路。
2022 Vol. 17 (3): 178-183 [
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184
谢幼华1，2，陈捷亮1，王勇翔1，袁正宏1，2
英国等地不明原因儿童肝炎的暴发情况及病因
2022年3月31日，苏格兰首先报告了5例患有不明原因重症肝炎的儿童。世界卫生组织(World Health Organization，WHO)于4月15日就不明原因儿童肝炎发布指导性意见，对确诊病例、可疑病例和流行病学相关病例进行了定义。截至4月21日，已有12个国家报告169例确诊病例，从1月龄至16岁不等。临床表现为急性肝炎，谷草转氨酶(aspartate aminotransferase，AST)或谷丙转氨酶(alanine aminotransferase，ALT)＞500 IU/L，多数患儿有黄疸、恶心、腹痛、乏力、嗜睡和胃肠道症状，包括腹泻和呕吐，大多数患儿无发热。17例接受了肝移植，至少报告1例死亡。考虑到流行病学特点和患儿的临床特征，感染性因素导致该疾病的可能性更大。病例的实验室检查结果均排除了甲、乙、丙、丁和戊型肝炎，并提示腺病毒可能与不明原因儿童肝炎有关，但其他感染性因素或环境因素仍不能完全排除。本文对此次不明原因儿童肝炎的发展情况及其可能病因进行了介绍。该疾病存在输入性风险，我国应对此早做准备。
2022 Vol. 17 (3): 184-187 [
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188
朱园飞，瞿涤
猴痘的流行现状及防控
猴痘(monkeypox)是由猴痘病毒感染所致的人兽共患病，主要发生在非洲中部、西部地区。猴痘病毒可感染多种哺乳类动物，主要在动物中流行，人接触感染动物后可被传染。猴痘的临床表现与天花相似(发热、皮疹等)，但症状较轻。天花疫苗接种可提供预防猴痘的免疫保护力。然而，因全球天花被消灭而停止接种天花疫苗后，猴痘成为最可能威胁人类的正痘病毒性疾病。近期，其散发病例在欧洲多地出现。2022年5月7日英国报道了猴痘疫情。随后，欧洲报道猴痘确诊和疑似病例超过100例。猴痘主要传播途径包括接触感染动物、与患者直接接触或间接接触。2022年5月20日，世界卫生组织就此次猴痘疫情召开了紧急会议，旨在提高对猴痘的认识，做好防范应对准备。世界卫生组织、美国疾病预防控制中心、英国卫生部门报告了相关疫情并制定了相应的防控措施。截至2022年5月28日我国尚无输入性猴痘报道，但因国际交往频繁等仍须提高警惕。本文介绍了猴痘流行现状及有关防控信息，以供借鉴。
2022 Vol. 17 (3): 188-197 [
摘要
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)
198
张荔1、谢黎1、李昕玥1、丁佳2、邓强1，3、吴健1，4，5
不明病因儿童急性重症肝炎：数据及认识更新
近期不明原因儿童急性重症肝炎病例在全球多发，自苏格兰首次病例报道至今，已有33个国家通报了至少650例散发病例，相互间缺乏流行病学联系。患儿主要表现为急性肝炎。结合流行病学分析及临床表现初步推论，该疾患可能由感染所致。所有病例均排除甲、乙、丙、丁和戊型肝炎，实验室检测发现半数以上患儿人腺病毒(human adenovirus，HAdV)阳性，部分鉴定为HAdV-41型，提示腺病毒与此疾患发病存在关联性。主流病因推测并提出腺病毒基因重组、辅助因素诱导病毒嗜性改变假说，尤其是超抗原假说引发了广泛热议，即HAdV-41感染诱发严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2)超抗原介导中毒性休克及肝细胞凋亡的发生。最终病因至今尚未明确。本文从流行病学调查、病因分析、病理表现、实验室检查、病原学检测、诊疗规范、现行病例隔离管理及预防消毒措施等方面对本疾患相关信息进行更新，以期总结对本病发病机制及诊疗的最新认识。
2022 Vol. 17 (3): 198-208 [
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